男子住进一栋奇怪的公寓，发现公寓里的住户竟然都是妖怪

本片的主人公是一名上高中的男主，名为稻叶夕士，父母因车祸去世，他一直寄居在伯父家，为摆脱寄人篱下的生活，在初中毕业后考入一所寄宿高中，入学时候宿舍因为一场大火需要半年时间重建，夕士在房屋中介的介绍下住进了一所叫“寿庄”的公寓。

这所公寓是附件唯一一个满足低租金要求的，而且还包吃，但是刚住进来时候发现公寓有点奇怪。放好东西下楼时候总觉得后面有人在看他，回头看又没人，下楼吃饭时候有美味的饭菜，但是做饭的地方很暗完全看不清，吃饭时候更是各种人都有，吃完饭后被吓坏的夕士想赶紧回房睡觉，遇到一叶先生邀请他一起去泡澡。

房东先生在公寓下面建了温泉，还建了一个大雪原，真的很棒。夕士在泡澡时候第一次见到了房东，房东先生是一个大大的，胖胖的，穿着和服的先生。房东先生对于催缴房租十分严格，有一次夕士想晚几天交房租，晚上房东来收房租时候假装不在家，结果房东一直敲门，还很凶，夕士也只好先交了房租。

从一叶先生处得知这个公寓是妖怪公寓，但夕士还是决定留下来，这里有修行除灵师的秋音，可爱的小男孩栗子，一直打麻将的四个妖怪，只有一双手但是做饭很好吃的琉璃子小姐，环游世界的旧书商，灵能力者龙等等。

就这样夕士在这所妖怪公寓开启了自己的高中生活，某天，夕士无意中预测到田代同学会遭遇车祸，但没等他阻止车祸就发生，后悔莫及的夕士握住了田代的手，却惊异的发现田代的痛苦转移到了自己的身上。

旧书商回来时候带回来的书中有一本叫做《小希洛佐异魂》，晚上睡觉时，这本书来到夕士的房间，书中出现一个精灵并认他为主人，原来这是一本魔法书，书中有22个精灵，可以召唤使用。于是夕士被迫开始了魔导师的修行。

后面夕士邀请自己的好友长谷来妖怪公寓做客，结果所有的人都很喜欢他，于是长谷便成了公寓的常客。并且还和夕士一起睡，从他们两之间莫名感受到一种爱情，长谷还吐槽男主是妈妈，他是爸爸，阿栗是他们的孩子。

虽然中途因为宿舍修好，男主回去住了一段时间，最终还是回归到妖怪公寓和大家一起生活。